「ペルソナ４」のエンディングから２ヶ月。稲羽市に再び戦慄が走る。突如復活した「マヨナカテレビ」で放送される謎の格闘番組「P-1 Grand Prix」。その上、番組開始と同時に主人公ら「特別捜査隊」の仲間たちが相次いで失踪。この異常事態を解決するべく、主人公らは再び「テレビの中の異世界」へダイブ。そこで待っていたのは、仲間同士強制的に戦い合わされる、格闘大会「P-1 Grand　Prix」だった…！同じく事件を追う、桐条美鶴・真田明彦・アイギスたちからなる「シャドウワーカー」も参戦し、激闘の中、彼らはこの事件を仕掛けた「黒幕」の存在に気づいていく…。「黒幕」の正体とは？そして、その目的とは？「特別捜査隊」と「シャドウワーカー」の戦いは続く…。