稲羽市で発生した事件の『黒幕』の正体を探るべく、集結した美鶴たちシャドウワーカー。救出したラビリスの記憶領域にも『黒幕』の手掛かりはなく、捜査は暗礁に乗り上げてしまう。だが、これまでに得た情報から、過去、彼らに深い爪痕を残した“あの男”の影が浮かび上がる…不穏な予感が流れる中、突如検知されるシャドウの異常反応——場所はあの“稲羽市”だった…！しばし後——平穏な日常を過ごしていた、ゆかりや順平などかつての『特別課外活動部』の面々に、“美鶴らが消息を絶った”との報が届く…！シャドウワーカーエクストラ・ナンバーズ（非常時特別制圧部隊）として仲間の危機に稲羽市へと駆けつける面々が目にした、かつての事件との不吉なまでの符合…！事件の『黒幕』は本当に“あの男”なのか！？